1. 研究目的与意义、国内外研究现状（文献综述）
1、本课题的意义：
分子标记技术作为一种研究工具也被用于黑麦的一系列研究当中，如黑麦特异分子标记的开发、遗传连锁图谱构建以及有益基因的定位等。目前诱致了一批小麦-黑麦易位系，但缺乏足够的分子标记，即影响准确鉴定，也不利于筛选小片段易位系，需要开发更多的覆盖全基因组的分子标记[1]。在DNA标记的选择中，可以利用基于PCR技术的标记实现高通量分析。因此，基于PCR技术的标记已经成为小麦遗传分析的主要工具之一[2]。多种基于PCR的标记例如AFLP、SSR、STS、RAPD、SCAR以及EST标记已被用于构建黑麦的遗传和细胞学染色体图谱[3]。而且基于EST的分子标记简单易操作、稳定性与转移性好，有助于小麦背景下黑麦染色质的检测、小麦与黑麦的遗传相似度比较及功能基因的分离[4]。
2、国内外研究概况：
2. 研究的基本内容和问题
1、研究目标：
利用白粉菌诱导的荆州黑麦转录组数据开发荆州黑麦染色体特异标记，并利用荆州黑麦6R染色体特异标记筛选可能的染色体结构变异体。
2、研究内容：
3. 研究的方法与方案
1、研究方法：
供试材料总基因组DNA提取采用SDS法，具体步骤参考Sharp et al,1988。 PCR扩增：PCR扩增及产物检测参考Ayana et al.2000; Blair et al. 2002; Bassam et al. 1991。
2、技术路线：
4. 研究创新点
开发一批新的荆州黑麦染色体特异标记，利用分子标记快速筛选新的染色体结构变异体。
5. 研究计划与进展
1、研究计划：
利用白粉菌诱导的荆州黑麦转录组数据，对白粉菌诱导后上调表达倍数大于2的EST进行了比对分析，据此设计引物。
利用这些引物对普通小麦辉县红、荆州黑麦和辉县红-荆州黑麦双倍体荆辉1号进行扩增，筛选荆州黑麦染色体特异标记。
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