梨Metacaspase基因家族的生物信息学分析开题报告

 2023-02-15 10:13:44

1. 研究目的与意义、国内外研究现状(文献综述)

梨是世界上一种重要的水果产品,改良其食用品质对提高人们的生活质量有很大的意义。

很多因素影响梨的食用品质,其中梨的石细胞是最重要的因素之一。

前人研究表明,一个辣椒的Metacaspase基因(CaMC9)和一个小麦的Metacaspase(TaMCA4)都对植物的PCD过程产生很重要的作用(Wang, Wang et al. 2012; Kim, Bae et al.2013)。

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2. 研究的基本内容和问题

目前,我们知道木质化涉及到程序性死亡(Escamez and Tuominen, 2014)。

细胞程序性死亡(Programmed cell death) PCD是一个识别细胞消亡的过程,而且它对发育生物学和组织持续再生非常重要(Gavrieli and Sherman et al., 1992)。

在动物细胞中, PCD的激活绝大多数情况下与Caspase(Cys-dependent Asp-specific peptidases,天冬氨酸特异性半胱氨酸蛋白水解酶)有关。

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3. 研究的方法与方案

序列收集和整理根据Metacaspase保守区域的蛋白序列在南京农业大学梨国家改良中心服务器和NCBI(www.ncbi.nlm.nih.gov)中检索相匹配的序列,利用Metacaspase基因的特征筛选,并设定E-Value<1e-10,得到目的基因。

系统发育分析="" 编码序列比对(alignment)使用molecular="" evolutionary="" genetics="" analysis-mega6(tamura="" and="" stecher="" et="" al.,="" 2013)的muscle(multiple="" sequence="" caparison="" by="" log-expectation)功能进行,参数为默认。

="" 梨metacaspase蛋白序列的结构分析="" 通过meme网站(http://meme-suite.org)进行结构分析。

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4. 研究创新点

目前梨的研究仍聚集在基因的克隆以及表达分析上,本研究利用生物信息学数据库和软件工具,对梨Metacaspase家族基因结构和蛋白质结构等进行分析,从中得到该基因家族不同成员之间的相互关系和演化历程。

5. 研究计划与进展

2016.8-2017.1 完成Metacaspase基因家族的确定和分析等内容。

2017.2-2017.3 完成梨Metacaspase基因在梨中的表达实验。

2017.4-2017.5 完成论文的写作等后续工作。

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