1. 研究目的与意义、国内外研究现状（文献综述）
本课题意义：腐霉属（Pythium）是卵菌（Oomycete）中的一类重要病原菌。
并且腐霉属的菌种繁多，目前已知的分类已经超过了150种，在水中，陆地都可以生存[1]。
大多数的腐霉菌以腐生为主。
2. 研究的基本内容和问题
研究的目标：植物保护学院卵菌与真菌分子生物学实验室近期从黄淮地区的大豆根腐病样品中分离鉴定了三种腐霉菌，包括：刺腐霉（Pythium spinosum）、土栖腐霉（Pythium terrestris）和大豆腐霉（Pythium sojae）。
上述三种腐霉在形态上十分接近，且基于目前在腐霉菌中常用的分子靶标基因，也难以选择特异性序列区段进行引物设计。
因此，需要进一步从这些腐霉菌的基因序列中挖掘新的特异性的分子靶标。
3. 研究的方法与方案
研究方法：实验通过CTAB法提取待测腐霉菌的RNA，使用第二代illumina测序技术进行测序，测序后使用Trinity进行无参考基因组的转录组拼装，最后通过对拼装后的基因序列进行分析，找出合适的靶标。
实验方案和技术路线：1.1 测序菌种测序的菌种为南京农业大学植物保护学院卵菌与真菌分子生物学实验室近期从黄淮地区的大豆根腐病样品中分离鉴定的三种腐霉菌，分别是刺腐霉（Pythium spinosum），土栖腐霉（Pythium terrestris）和大豆腐霉（Pythium sojae）。
1.2 提取方法将三种腐霉菌分别转接到V8固体培养基平板上，在25℃黑暗条件下培养3 d后，在其菌落边沿切取10个（2 mm 2 mm）菌丝块。
4. 研究创新点
开发病原菌的快速分子检测体系是诊断与防控病害的重要基础，本研究基于田间分离的近源的腐霉菌菌株，通过转录组拼装，从头挖掘新的特异性的分子靶标，获得的新靶标可为将来开发其他腐霉菌的检测体系提供备选序列，本研究的研究思路也将为从无参考基因组的菌株中挖掘开发新分子靶标提供参考。
5. 研究计划与进展
2017.9月：分别提取三种腐霉菌菌丝阶段的RNA，并送往公司测序。
2017.10月：获得测序后的原始数据，进行数据的评估和清洗；使用Trinity对数据进行拼装；使用BLAST和其他序列数据对比，并完成注释内容。
2017.11月：通过TransDecoder软件来完成开放阅读框的查找及预测；使用SignalP来预测信号肽；通过OrthoMCL-DB来将蛋白序列归类，找出直系同源基因。
以上是毕业论文开题报告，课题毕业论文、任务书、外文翻译、程序设计、图纸设计等资料可联系客服协助查找。
