1. 研究目的与意义、国内外研究现状(文献综述)
1、 1、课题意义
(1)菠萝泛菌能引起不同作物病害
菠萝泛菌最早在1928年在菲律宾作为菠萝的致病菌被发现[1],它是一种具有鞭毛的和兼性厌氧的革兰氏阴性变形菌门细菌。依赖于寄主和生态位的不同,菠萝泛菌可能以共生、腐生和寄生等方式生存[2]。菠萝泛菌能够引起多种农作物的重要病害[3],可侵染多种单子叶和双子叶植物,包括玉米、水稻、高粱、洋葱、番茄、瓜类、苏丹草等[4-11]。
2. 研究的基本内容和问题
1、 1、研究目标
(1)研究菠萝泛菌的T6SS-1基因簇及其核心基因tssD(hcp)的致病功能
(2)研究菠萝泛菌的T6SS-1基因簇及其核心基因tssD(hcp)在细菌竞争中的作用
3. 研究的方法与方案
1、研究方法
(1)构建PCR片段:采用重叠PCR的方法将“T6SS-1基因簇基因左同源臂” “抗生素” “T6SS-1基因簇基因右同源臂”三种片段连接到一起(壮观霉素片段大小为1000bp)构建PCR片段,引物设计可通过E-Crisp:www.e-crisp.org/E-CRISP/designcrispr在线工具实现。
(2)采用Red重组系统敲除T6SS-1基因簇及其核心基因tssD(hcp):拟采用Red重组系统对菠萝泛菌DZ-12的T6SS-1基因簇基因、tssD(hcp)基因进行敲除。pCas质粒中含有Red重组系统,该系统利用K噬菌体的3个蛋白质Exo、Bet和Gam,引导线性片段与同源区发生重组置换。
4. 研究创新点
1、拟建立国内最先报道的玉米褐腐病的互作方式,即菠萝泛菌——玉米互作系统,为深入研究该病害致病机理打下基础。同时由于菠萝泛菌具有生态多样性,是植物、昆虫等的致病菌,研究菠萝泛菌在寄主玉米上的致病机理,可为理解菠萝泛菌对动物的致病机理提供参考。
2、Ⅵ型分泌系统在植物病原菌与植物互作中的作用研究刚刚起步,尚无实验基础证明其作用。本课题中拟测定菠萝泛菌Ⅵ型分泌系统的T6SS-1基因簇致病功能,为后期鉴定菠萝泛菌中具有致病能力的效应蛋白打下基础。
5. 研究计划与进展
1、 1、已经具备的条件
(1)菠萝泛菌DZ-12菌株遗传背景清楚并具良好的遗传操作性
本实验室已完成了菠萝泛菌DZ-12全基因组测序,预测了该菌株具有的Ⅵ型分泌系统和效应蛋白。
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